Sulle isole sono presenti circa 560  specie di piante, di cui un terzo sono endemuche cioè specifiche del luogo.

Sono presenti specie uniche di : cotone, peperoncino, passiflora, pomodoro, guava e caffè.

Vi sono addirittura intere specie endemiche, come la scalesia, pianta delle Asteracee, la margherita, e alcuni cactus, come il Brachycereus, chiamato anche 'cactus della lava' e, il Jasminocereus detto  "cactus candelabro".

Circa 480 specie sono state introdotte dall'uomo nel corso dei secoli per motivi vari in primo luogo lo sviluppo dell'agricoltura.

Purtroppo alcune di queste stanno invadendo l'habitat naturale in modo pericoloso ed incontrollato; anche gli animali introdotti stanno causando dei danni, in primo luogo le capre.

Vediamo ora le specie principali:

pomodori: sono molto piccoli e gustosissimi, dal sapore dolce.
Il colore è giallo o rosso.
Ne vanno ghiotte le tartarughe ed alcuni uccelli.

Goat's Head: pianta dalle foglie e dai fior molto piccoli; i suoi frutti sono molto appuntiti pertanto pungono facilmente chi li calpesta.

Cactus candelabro: completamente ricopeto di spine>

Espino: Pianta dalle foglie lunghe ed appntite che sotto il sole cocente si accartocciano. Produce un frutto nero o marrone aspro ma comunque commestibile.

Passiflora: cresce sulle piante rempicanti.

Muschio delle Galapagos: tendente al giallo ed al rosso, produce piccoli fiori bianchi.

Cacaotillo: pianta che cresce fino a 2-5 metri